在婚姻关系中，夫妻双方因感情破裂而选择离婚是常见现象。然而，当一方发现孩子并非自己亲生时，这种打击往往远超感情破裂本身。这种情况不仅涉及情感上的背叛，也牵涉到法律层面的复杂问题。那么，在“女儿非亲生”的情况下，提起诉讼离婚，法院是否应当判决离婚？这背后的法律逻辑又该如何理解？

首先，从婚姻法的角度来看，我国《民法典》明确规定了离婚的法定条件，其中“感情确已破裂”是法院判定是否准予离婚的核心标准。而在实际审判过程中，法院会综合考虑多种因素，包括但不限于婚姻基础、婚后感情、离婚原因、子女抚养情况等。

当一方发现孩子并非亲生，这一事实往往被视为夫妻感情破裂的重要证据之一。因为这种欺骗行为严重破坏了夫妻间的信任基础，甚至可能构成对另一方人格尊严的侵害。根据《民法典》第一千零四十三条，夫妻之间应当互相忠实、互相尊重，而“非亲生子女”的情况显然违背了这一原则。

此外，从法律程序上看，若一方能够提供充分证据证明孩子非亲生（如亲子鉴定报告），法院通常会将此作为判断夫妻感情是否彻底破裂的重要依据。尤其是在一方明确表示无法继续共同生活的情况下，法院往往会倾向于支持离婚请求。

不过，也存在一些特殊情况。例如，如果一方虽知孩子非亲生，但仍然愿意维持婚姻，并且双方在其他方面仍有感情基础，法院也可能基于保护家庭稳定和子女利益的考虑，暂时不判决离婚。但这并不意味着“非亲生”这一事实不会影响最终的裁判结果，只是在具体操作中需要更加谨慎地权衡各方利益。

另外，关于“非亲生子女”的抚养权和抚养费问题，也是离婚诉讼中的重要议题。根据法律规定，即使孩子不是亲生的，父母仍需承担相应的抚养义务。但如果一方能够证明对方隐瞒了子女非亲生的事实，可能在抚养费分配上获得一定的调整。

总的来说，“女儿非亲生”虽然不直接构成离婚的法定理由，但它往往成为夫妻感情破裂的关键诱因。在司法实践中，法院通常会结合具体情况，综合判断是否应准予离婚。对于当事人而言，在面对此类问题时，除了寻求法律帮助外，也应理性处理情感与责任的关系，确保自身权益的同时，尽量减少对孩子的伤害。

因此，面对“女儿非亲生”的现实，提起诉讼离婚是否合理，关键在于夫妻感情是否已经彻底破裂，以及是否存在继续维持婚姻的可能性。法律虽不能解决所有情感问题，但能够在一定程度上为当事人提供公正的裁决依据。